إن الخلافات والتجاذبات بين أحزاب المجلس الوطني الكردي وبصورة خاصة بعد المؤتمر الثاني ، ونتيجة للمحاور والتكتلات الموجودة داخل المجلس والصراع على المناصب والتمثيل في اللجان والمكاتب واتباع سياسة المحاصصة وذلك باللجوء إلى الاجتماعات الدورية بين الأحزاب دون اعطاء اي اهمية للمؤسسات كمكتب الأمانة والمجلس الوطني وتهميش دور المستقلين والمكونات الأخرى مما ادى إلى تعطيل دور المجلس وهذا مما أنعكس على أداء الهيئة الكردية العليا.