في الجانب التنظيمي شكل المجلس هيئات ولجان عدة, وفّق في بعض منها, وفشلت في بعض منها, منذ البداية كانت هنالك إشكالات حول آليات تشكيل واختيار المستقلين والتنسيقيات والأحزاب, واستبعد بعض الشخصيات المهمة في الخارج والداخل, وعلى رغم كل هذه الملاحظات استطاع المجلس استيعاب غالبية القوى والشخصيات الفاعلة في الساحة السياسية, بإمكان المجلس الاستفادة من تجربته الماضية في هذا المجال, لارتقاء بلجانه وهيئاته لتواكب روح الحراك الجاري في الوطن, ولأن  أمام هذا المجلس تحديات أكبر, في المستقبل, ولذا يجب أن يتوافق المجلس ليخرج من معظم مشاكله بسلام.
سياسيا لعب المجلس دورا لا بأس به, كان مشروعه السياسي عبارة عن مبادئ  وخطوط عامة, وبعض مصطلحاته  كانت فضفاضة بحاجة إلى الوضوح.
 من جهة أخرى, شكل هذا المشروع مفاجأة كبيرة للقوى المعارضة العربية, لأن الأخير ينظر إلى القضية من منطلق أن الكورد أقلية تنحل قضيته في إطار حق المواطنة لا أكثر, أما مصطلح حق تقرير المصير, وكوردستلن سوريا, واللامركزية فهي بالنسبة لهم استفزاز  لا أكثر, وهذا ما أكده السيد برهان غليون في صحيفة  (Rûdaw) التي تصدر في هولير في حوار مع صحيفة روداو الكردية يقول برهان غليون رئيس المجلس الوطني السوري - : "ليس في سوريا شيء اسمه " كردستان سوريا 
- لا نقبل نظام اللامركزية السياسية, بل نقبل بالإدارة المحلية.:" (1), ولذا نحن بحاجة إلى مشروع سياسي واضح المعالم, يتضمن الاعتراف بحقوق الشعب الكوردي وفق المعايير والمواثيق الدولية, ويكون مشروع المجلس واضحا مكتوبا سواء كان  حكما ذاتيا  أم شيئا آخر". انتهى
أما أن ينشغل المجلس بمسائل ثانوية – كالدعم الذي قدم لبعض أفراد في الهيئة التنفيذية من قبل حكومة إقليم كوردستان أثناء زيارة وفد الأمانة العامة إليها, وأن يتم فصل أو تجميد بعض الأحزاب أو الأشخاص, وأن تثير ضجة على مواقع النت, وأن ينسحب البعض من المجلس خلفية مسألة كهذا فهو لأمر غير منطقي ومرفوض بكل المعايير, فهذا ما يتمناه الذين يعادون حقوق الشعب الكوردي في سوريا وممثليه على حد سواء,إذا, إثارة هذه المسائل البسيطة لن تفيد قضيتنا على الإطلاق,  طبعا إن لم تكن هناك مأرب أخرى لهؤلاء.